仙芝、黄巢率部南进，先攻河南唐、邓等州，不利，转攻荆南郢、复二州，克之。随之，仙芝军又攻掠申、光、庐、寿、舒、通等州，山南、淮南军情飞报中枢。朝廷诸官惶恐，皆言贼兵已泛四境，兵战则失势矣，宜招抚。
宰相郑畋言计不可，数上疏极陈曰：“目今四海纷争不歇，前者庞勋拒命，祸乱岭南，王郢挻灾浙东。贼寇结聚至多，猖狂日盛，寻则身膏原野，虽家受诛夷，亦有方从叛乱，何也？能自徊翔，移吉凶于反掌之间，变祸福于立谈之际。近者诸道奏报，草贼日炽，江西、淮南，宋、亳、曹、颍，或攻郡县，或掠乡村，虽命兵师征讨，然则收效甚微。至于助长贼势，臣先就言，且作羁縻，宜在招抚。然大臣贪功冒进，致使今势，贼汹如此，招降失时。自沂州奏捷之后，草贼日愈猖狂，屠陷五六州，疮痍数千里，攻伐无功，何也？皆用人不当其才，闻贤不试以事，臣切恨之。向者宋威衰老多病，自妄奏以来，诸道尤所不服，今淹留毫州，殊无进讨之意；曾元裕拥兵蕲、黄，专欲望风退缩；若使贼陷扬州，则江南亦非国有。以臣观之，崔安潜威望过人，能谋善断；张自勉骁雄良将，严而有勇，此皆国之士也。请以安潜为行营都统，擢为招讨使代威，自勉为副使代元裕。使此二人通力戮贼，则贼可破也。“上不从。
朝廷不决迁延月旬，仙芝、巢军攻蕲州。蕲州刺史裴渥，乃宰相王铎知举时所擢进士也，怯战自屈仙芝，愿为其求官。时王鐐在仙芝军中，鐐闻裴渥私谓仙芝求官罢兵，又忖仙芝数面之，陈其欲投诚卸甲，鐐知渥乃其从父兄王铎门徒，遂使人秘语仙芝，可通裴渥，为其乞赐官爵。仙芝早厌兵，问计于军师君长，君长曰：“起事三载，俘获万众，据城十余座，进可攻，退可守矣。且将士多北归之心，不若许之，且看他作何计划？”
早有兵士报黄巢，巢闻仙芝背己邀官，大怒而起，欲与仙芝争辩，下属劝阻，曰：“将军现寄人篱下，不宜出头，且看他作何计较。”巢乃止，秘遣人探听。且说仙芝和君长计议已定，请王鐐为其表乞降，遣心腹星夜赍送裴渥。渥本惧仙芝拒其计，忽得鐐为仙芝，览之，其略曰：“非敢为寇也，只因关东连年水、旱，州县不以实闻，上下相蒙，致吾等流殍，无所控诉。欲天子，面诉衷肠之事。倘蒙圣恩矜恤，当从善如流，解甲归田，怎敢谮越弗上，望乞伏罪！”渥得，知仙芝欲以乱为挟，坐邀朝廷，图官加爵而已，如释重负。当夜与守城官将商议，皆以为可。渥一面派人赍仙芝乞降往长安，一面遣使回复仙芝，其略曰：“悉洞察，已星夜呈表御前，为将军述愿，且宜从容，望束军将，休得犯兵！”
仙芝得，亦欣喜无比，示之君长、王鐐，鐐谓仙芝回裴渥以礼，两相约定敛兵休战。渥乃开城，延仙芝及巢等草军三十馀将官入城，置酒设宴，弦歌燕舞，并大陈货贿以赠仙芝等。
裴渥达御前，僖宗即召百官廷议，宰相卢携曰：“昔，岭南庞勋作乱，悍兵勇将，伏地千里，祸及淮南、江南、岭南诸道，声势寰宇，时人皆以为不可。然先帝不屈，集兵百万，耗资无数，与贼人周旋，虽数临危累卵，独不赦庞勋，期年卒诛之。今仙芝小贼，散兵游勇，乌合之众，非庞勋之比，若赦罪除官，益长奸宄，将何以益？“宰相王铎曰：“卢相公之言差矣，昔庞勋贼反，皆因崔彦曾擅权自专，蒙蔽上官，欺凌下卒所致。今势不同，仙芝草贼所起，皆因关东天灾，州县不以实闻，致百姓流殍，无所控诉，不得已相聚为盗，实为势所胁逼。况今不同往，朝廷连年累战，国虚民弊，州县兵少，且诸道各不相协，前者草贼不过千余人，地不过关东数州。宋威聚诸道兵马，更兼天子赐给禁兵良马，不能剪灭，贼寇反而愈盛，今祸及诸道，剽掠千里，据城数十座，贼众数十万，更何以尽其剪灭？某以为，仙芝前数表乞官，其意不过以战相挟，坐邀朝廷，不若今且伪许虚职，以抚其众，而后分而治之，此乱可解，此乃‘欲取之，先许之’之策也。”
卢携等众争之，王铎固请，僖宗不胜其烦，欲将避难就易之策，遂许王铎之议。朝廷乃议仙芝之职，或曰给下州刺史，或曰给散官，携曰：“若给官职，上等职官，恐隆恩太重，若给下等职官，恐难抚其心。不若以神策军赐之，令诣阙赴职，一则可抚其心，二则监其人。”时神策军为中使田令孜所辖，仙芝若收其麾下，乃是一功，令孜向来和携相厚，遂谓僖宗从卢携议。
朝廷乃制，除仙芝左神策军押牙兼监察御史，其余将领皆除授低职闲散官，上遣中使以告身星夜赴蕲州授之。时仙芝等草军众将在蕲州城内，闻中使至，取宣读授官，众皆跪拜受赐。中使授讲毕，仙芝甚喜，几叩中使，数拜圣恩，鐐、渥皆起身贺仙芝。
时中使未退，草军众将因授官低微，皆不喜，已相顾喁喁，显于怒色。巢因不闻于朝廷，顾未得以除授官爵，大怒而起，诘仙芝曰：“天王者，可记得嵖岈山下，你我歃血为盟，共立大志，形如兄弟，横行天下，誓同生死，富贵与共。而今独取官赴左军，欲使此五千馀众何所归矣？！“仙芝尚喜形于色，未及慰藉众人，巢怒发冲冠，揎拳掳袖，揪仙芝而殴之，众劝之不及，仙芝亦不曾提防，门面早受巢铁拳，重伤其首。巢复数拳击之，仙芝屁滚尿流，众人急上前劝解住，仙芝鼻血早已奔涌而出。众将喧噪不已，亦争相怨愤仙芝，仙芝畏众怒，遂拒不受命。王鐐、裴渥见乱，欲趁机踅走，一将见之，喊叫众人，连同中使捉住。
众问何如，巢欲杀之，仙芝不许，巢从弟林业亦劝巢曰：“势不可尽使，言不可尽道，留之，恐后为用也。”巢乃止，却纵其将卒，大掠蕲州，城中之人，半驱半杀，毁其家业，焚其庐舍，哀声震天。